お題の通りで使う時にいつも忘れてしまうTerminalコマンドをメモ．随時更新． Shell編 rm -r directoryname ~ ls -a sudo purge top find . -name '.DS_Store' -type f -ls -delete source ~/.zshrc Git編 git diff --name-only git diff --stat Docker dock…

MacBookAir2012でKNIMEを動かすのは重すぎてストレスに感じてきた。 そろそろやらねばと思ってPythonを勉強し始めたので、環境構築の備忘録を随時更新する。 PCやiPadを買い換える時はクリーンから始めたい派なので、調べ直しは最低限にしたい。 というわけ…

会社でKnimeを使ったりする場合、会社の構造式やデータを流出させないためにネットワークに接続されていない環境でデータ処理するケースもあったりします。 Knimeのインストールファイルは公式HPからダウンロード出来るので、そのファイルを移してインストー…

夢を見た。 スイスから帰ってくる途中の夢だった。 現実にはもう日本で仕事を再開してるし、実際のシーンとは全然関係なかった。 向こうに未練がない訳ではないけれど、見るからには何かしら頭の隅っこの方で考えてる虫がいるんだろう。 日本に帰ってきてか…

Grüezi, 今回は久しぶりにLibraryっぽいお話を。 端的に言うと、こちらのWork Flowの解説です。 hub.knime.com 右側のDownload Work FlowからDownloadしてしまえばOK何ですが、ケミストにも使いやすいように少しだけカスタマイズします。 と言うわけで今回の…

Grüezi, 前回の記事で晒した素人感は一切無視して、Degronについて少しずつ深掘りします。 keetaneblog.hatenablog.com 今回の文献はこちら。PDB ID: 6H0F 6H0G science.sciencemag.org 今回使っている結晶構造のDegronはZinc Fingerの構造を持っています。C…

Grüezi, 今日は勉強したことのメモ書きを少し。 PROTACsのようなdegraderの文献を読んでいると、時々Molecular Glueというのを見かけます。PROTACがbifunctional moleculeであるのに対して、Glueは、例えばCereblonに結合したIMiDsの先にPOIのPPIを誘起しま…

どこかで一度話題にした気もしますが、PyMOL(python?)のコマンドにはデフォでaliasという機能が組み込まれてます。簡単に言うと、コマンドラインに2,3文字入れてtabキーを叩くと、該当するコマンドを補完するか、候補のコマンドを表示してくれます。 実はこ…

Grüezi, 最近湿度が高いですね。電車に乗るたびにもっとPhysical distanceが欲しいと感じて止みません。 そんな訳で今回のお題は溶媒、つまり水分子です。 Pymol上でいくつかのPDBファイルを重ねて表示することがあると思います。その時に、溶媒の水分子って…

Grüezi, すっかり投稿するのを忘れてた記事を一つ。 これまで紹介したNodeを使うと、 PDB ConnetcorのReport機能を使ってターゲット分子ごとにPDBを割り振ってダウンロードすることも簡単にできます。 今回はスクショメモしか残してなかったのでかなりざっく…

Grüezi, 早いもので，帰国まで1ヶ月を切ってしまいました．慣れてしまえばもう少し滞在したいような，でも物価の高さには相変わらず目眩もするし，正直多分虫歯が出来たっぽいしで帰国したいような，そんなどっち付かずの心持ちです．計画してた旅行の残りは…

Grüezi, 何てことない話なんですが，Pymolのデフォルトセッティングを紹介します． cd /tmp set sphere_scale, 0.2 set cartoon_transparency, 0.5 set transparency, 0.6 set surface_color, white File > Edit pymolrcを開いて上記のTextをコピペ，閉じる…

Grüezi, 世界中でロックダウンが行われていますが，日本も複数の都市で行われ始めましたね．経済的な影響も心配ですが，何よりもまずは生き残ることだと思います．株の格言でも似たようなのがありましたよね． さて，SARS-CoV-2の研究だけは活発に行われてい…

Grüezi, Appleで春の学生向けキャンペーンが明日までですね． www.apple.com 新しく出たMacBook AirとiPad Proを順番にコンボで買える日を夢見てましたが，予算の都合上，後者だけになりました笑．オマケのギフトカードで念願のApplePencil2も買うことにしま…

Grüezi, コロナ騒動がおさまりませんが，私はグラント応募の準備がひと段落したのでKNIME遊びを更新しました． 今回のUpdateはこんな感じです． PDB Downloader WorkFlow PDB Connector Group Loop Start Column Resorter Excel Sheet Appender (XLS) Variab…

Grüezi, 世間ではコロナウィルスが大流行ですが，皆さんいかがお過ごしでしょうか． さて，この数週間でCOVID-19関連の構造情報が複数公開され，各PDBサイトにも特集が組まれています． 2020/3/14現在でRCSB PDBのサイトには19個の構造情報が公開されていま…

Grüezi, スイスに来て7ヶ月．一向に英語力が向上した気がしない，どうも或る化みす途です． 以前にTrelloというタスク管理ツールを紹介しましたが，最近リリースされた機能がどうにも便利なので紹介したいと思います． 過去記事はこちら． keetaneblog.haten…

Grüezi, 前回の記事の手直しも済んでませんが，勢いのある内に次に行こうと思います(済みました23/Jan/2020)． 前回はダウンロードしたPDBファイルを見やすく整えるショートカットを紹介したわけですが(←前回言えよ)，今回はタンパクやリガンドの周辺環境の…

Grüezi, Hi, today I would like to introduce some pymol commands, which is useful for pymol biginers. Let's get started!! 今日はPymolでよく使うコマンドの紹介をしたいと思います．初心者の方には結構便利じゃないかなと思います．Pymolのインストー…