皆さんは標的の情報ってまず何で調べますか？ 私は大体UniProtから入ることが多いです。 そして例えばUniProtのEntryをキーワードにTarget ChEMBL IDを探すこともできます。 前回みたいにChEMBLから入ることって実はあんまりありませんでした。 ChEMBLのデー…

皆さんは長期休暇の宿題は計画通り進める派でしたか？先にやる派？後でまとめて派？ 私はというと、宿題とかない小学校でした笑 とは言っても子どもの学校は宿題があるので、どう接するのが正解なのかいつも悩ましいです。 今回はジジババの家に行く前に全て…

最近diffusionなんとかで色々オープンソースソフトウェアが報告されてます。 DiffDockというドッキングツールもその一つで、git hubやgoogle colabを使って試してみることができます。 いやはや凄い時代ですよね。 そんなわけでミーハーとしてはGoogle colab…

Grüezi, 先日ナイメストさんの記事でPDBのNodeが復活していることを知りました。 【W8】タンパク質データの取得_05_Step2_02_Query2RCSB｜ナイメスト @KNIME9 #note #一歩踏みだした先に https://t.co/gwJPdg9q0e— 巨人の肩の上でKNIMEを語る (@Note_of_KNIM…

先日JAK familyの相同性、というか配列の相違点？、を興味本位でPyMOLを使って紹介したところ、 PyMOLで相同性を見てみました。python使ってもっとスマートに仕事したいなー。はてなブログに投稿しました #はてなブログPyMOLで相同性を確認してみた - 或る化…

JAKiってキナーゼのわりには構造がシンプルでも活性と選択性が出てそうで、ケミストはとっつきやすいのかもですね！— へい (@HiGoing) July 3, 2022 ほんまかいな、ということで今回はPyMOLがインストールしてあれば誰でも出来る簡単な相同性の確認方法です…

PyMOLの自作.pymolrcファイル #2022.6.29 リガンド周りのラベリングをスッキリさせました。 #2022.8.10 AlphaFold2のplDDTスコアのカラーリングをラボォさんのtweetを参考にalias化しました。 tagをシンプルな設計に変えました。 FASTAをprintするalias作り…