Grüezi, 今回は久しぶりにLibraryっぽいお話を。 端的に言うと、こちらのWork Flowの解説です。 hub.knime.com 右側のDownload Work FlowからDownloadしてしまえばOK何ですが、ケミストにも使いやすいように少しだけカスタマイズします。 と言うわけで今回の…

Grüezi, 前回の記事で晒した素人感は一切無視して、Degronについて少しずつ深掘りします。 keetaneblog.hatenablog.com 今回の文献はこちら。PDB ID: 6H0F 6H0G science.sciencemag.org 今回使っている結晶構造のDegronはZinc Fingerの構造を持っています。C…

Grüezi, 今日は勉強したことのメモ書きを少し。 PROTACsのようなdegraderの文献を読んでいると、時々Molecular Glueというのを見かけます。PROTACがbifunctional moleculeであるのに対して、Glueは、例えばCereblonに結合したIMiDsの先にPOIのPPIを誘起しま…

どこかで一度話題にした気もしますが、PyMOL(python?)のコマンドにはデフォでaliasという機能が組み込まれてます。簡単に言うと、コマンドラインに2,3文字入れてtabキーを叩くと、該当するコマンドを補完するか、候補のコマンドを表示してくれます。 実はこ…

Grüezi, 最近湿度が高いですね。電車に乗るたびにもっとPhysical distanceが欲しいと感じて止みません。 そんな訳で今回のお題は溶媒、つまり水分子です。 Pymol上でいくつかのPDBファイルを重ねて表示することがあると思います。その時に、溶媒の水分子って…

Grüezi, すっかり投稿するのを忘れてた記事を一つ。 これまで紹介したNodeを使うと、 PDB ConnetcorのReport機能を使ってターゲット分子ごとにPDBを割り振ってダウンロードすることも簡単にできます。 今回はスクショメモしか残してなかったのでかなりざっく…