フィルムカメラで撮った写真を現像した時にデータファイルのCD-Rをもらう、みたいなやや時代遅れなことをいまだにやってます。 そんな時、データをMacにただコピペしただけではアクセス権がRead Onlyになっている時があります。 このままだとiPadに転送した…

diffとかstatusとかいつも忘れるのでメモ git status 変更点やstaging area, commitとの変更点を要約表示 git diff --stat git diffだと変更点全てが表示されて把握しづらい。 まずはどれくらい変更したかをgit diff --statで確認。 git diff --name-only ど…

よくあるやつです。そんな時はgit add .する前に git stash staging areに持っていく前の内容を待避させます。 git checkout -b ブランチを切り替えます。 git stash pop 退避していた内容を切り替えたブランチで復帰させます。 git add . と git commit -m …

よくある話なので忘れないようにメモです。 subl .gitignore sublimeをインストールしてる前提ですごめんなさい。 作業内容にもよるんですが、何も考えずに下記コピペ保存でいい気がしてます。 ちなみに.DS_Storeとかはmacの話です。 .DS_Store .ipynb_check…

Grüezi, タンパクの結晶構造を見てる時に，ふと特定のアミノ酸が何処にあるかとか，それが全部で何個あるか気になることってありますよね． 例えばLysineが何個あるか数えたい時は，PyMOL上のコマンドラインで，こう唱えます． count_atom resn lys and chai…

Grüezi, 過去のエントリでPyMOL上に表示される溶媒の水分子をなんとかする試みを紹介しました． keetaneblog.hatenablog.com keetaneblog.hatenablog.com 今回はasコマンドで水分子をうまく扱う方法とともに，.pymolrcを少し書き換えたので，以下紹介です． …

Grüezi, 使いたい時には忘れてるGit commandをメモ代わりにalias化しました． ~/.gitconfigに下記コードを保存すると，terminalでgit [alias]でgit コマンドとして使えます． 大体これで作業順な気がする． [alias] rv = remote -v ra = remote add origin #…

いつも忘れてしまうやつの抜粋． jupyterとかMacOSのversionが違うと微妙に違うので注意． MacOS Big Sur, M1 Python 3.7.9 (conda 4.9.2) Cellを分割 ctr + Shift + - Cellを統合 Shift + M Kernelを中断 i, i 単語単位でアクション option + key 行単位で…

Grüezi, Biopythonのライブラリを使ってUniprotをいじってみたので，以下覚書． # ライブラリのimport import pandas as pd from Bio import SeqIO from Bio.PDB import PDBList as pdbl from urllib.request import urlopen # 調べたいタンパクのUniprotKB …

＊この記事は過去の記事をベースにマークダウン記法の練習に作成してます． keetaneblog.hatenablog.com マークダウンについてはチートシートを見ながら書いてます． Qiita マークダウン記法 一覧表・チートシート - Qiita 最終的な見た目はこんな感じになり…

Grüezi wohl, 一年位前まで頑張って勉強してたKNIME x PDBですが、PDB connectorが仕様変更になってます。いざ使おうって時にこれだから... というわけで、めっちゃ簡易ですがpython scriptを置いておきます。 from IPython.display import HTML from pypdb …