Grüezi,
タンパクの結晶構造を見てる時に，ふと特定のアミノ酸が何処にあるかとか，それが全部で何個あるか気になることってありますよね．
例えばLysineが何個あるか数えたい時は，PyMOL上のコマンドラインで，こう唱えます．
count_atom resn lys and chain A and backbone and elem n
count_atom (selection)でselectionの原子数を数えられます．
これを利用して，LysineかつChain Aかつ主鎖かつN原子の数を数えればタンパクに含まれるLysineの数を数えられるはずです．
コマンドを打つのが面倒なので，見たくなりそうなアミノ酸だけalias化して.pymolrcに追加しておきましょう．
alias k, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn lys; count_atom resn lys and chain A and backbone and elem n alias c, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn cys; count_atom resn cys and chain A and backbone and elem n alias s, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn ser; count_atom resn ser and chain A and backbone and elem n alias h, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn his; count_atom resn his and chain A and backbone and elem n alias t, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn thr; count_atom resn thr and chain A and backbone and elem n alias r, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn arg; count_atom resn arg and chain A and backbone and elem n alias d, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn asp; count_atom resn asp and chain A and backbone and elem n alias e, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn glu; count_atom resn glu and chain A and backbone and elem n alias y, hide sticks, polymer.protein; show sticks, resn tyr; count_atom resn tyr and chain A and backbone and elem n
これで次からはkをコマンドライン上で叩くだけで，lysineの数が表示されるだけでなく，Lysineのstickを表示してくれます．
タンパクのどの辺にそのアミノ酸があるかが簡単に見つかるわけです．
これは結構便利だなー．
