Chemoinfo
Grüezi, タンパクの結晶構造を見てる時に，ふと特定のアミノ酸が何処にあるかとか，それが全部で何個あるか気になることってありますよね． 例えばLysineが何個あるか数えたい時は，PyMOL上のコマンドラインで，こう唱えます． count_atom resn lys and chai…
Grüezi, 過去のエントリでPyMOL上に表示される溶媒の水分子をなんとかする試みを紹介しました． keetaneblog.hatenablog.com keetaneblog.hatenablog.com 今回はasコマンドで水分子をうまく扱う方法とともに，.pymolrcを少し書き換えたので，以下紹介です． …
Grüezi, 使いたい時には忘れてるGit commandをメモ代わりにalias化しました． ~/.gitconfigに下記コードを保存すると，terminalでgit [alias]でgit コマンドとして使えます． 大体これで作業順な気がする． [alias] rv = remote -v ra = remote add origin #…
いつも忘れてしまうやつの抜粋． jupyterとかMacOSのversionが違うと微妙に違うので注意． MacOS Big Sur, M1 Python 3.7.9 (conda 4.9.2) Cellを分割 ctr + Shift + - Cellを統合 Shift + M Kernelを中断 i, i 単語単位でアクション option + key 行単位で…
MacBookAir2012でKNIMEを動かすのは重すぎてストレスに感じてきた。 そろそろやらねばと思ってPythonを勉強し始めたので、環境構築の備忘録を随時更新する。 PCやiPadを買い換える時はクリーンから始めたい派なので、調べ直しは最低限にしたい。 というわけ…
会社でKnimeを使ったりする場合、会社の構造式やデータを流出させないためにネットワークに接続されていない環境でデータ処理するケースもあったりします。 Knimeのインストールファイルは公式HPからダウンロード出来るので、そのファイルを移してインストー…
Grüezi, 今回は久しぶりにLibraryっぽいお話を。 端的に言うと、こちらのWork Flowの解説です。 hub.knime.com 右側のDownload Work FlowからDownloadしてしまえばOK何ですが、ケミストにも使いやすいように少しだけカスタマイズします。 と言うわけで今回の…
Grüezi, 今日は勉強したことのメモ書きを少し。 PROTACsのようなdegraderの文献を読んでいると、時々Molecular Glueというのを見かけます。PROTACがbifunctional moleculeであるのに対して、Glueは、例えばCereblonに結合したIMiDsの先にPOIのPPIを誘起しま…
Grüezi, すっかり投稿するのを忘れてた記事を一つ。 これまで紹介したNodeを使うと、 PDB ConnetcorのReport機能を使ってターゲット分子ごとにPDBを割り振ってダウンロードすることも簡単にできます。 今回はスクショメモしか残してなかったのでかなりざっく…
Grüezi, Appleで春の学生向けキャンペーンが明日までですね． www.apple.com 新しく出たMacBook AirとiPad Proを順番にコンボで買える日を夢見てましたが，予算の都合上，後者だけになりました笑．オマケのギフトカードで念願のApplePencil2も買うことにしま…
Grüezi, 世間ではコロナウィルスが大流行ですが，皆さんいかがお過ごしでしょうか． さて，この数週間でCOVID-19関連の構造情報が複数公開され，各PDBサイトにも特集が組まれています． 2020/3/14現在でRCSB PDBのサイトには19個の構造情報が公開されていま…
Gruezi wohl 最早三ヶ月前の話なので大変恐縮ですが，ETH(＠Zurich)で毎年のように開催されているDNA encoded library (いわゆるDEL)のシンポジウムに参加してきました．ぶっちゃけ文献やネットのまとめ的な記事しか読んでいなかったので，今回のシンポジウ…
Zürichは暑さのピークを越えた気がします。みなさんいかがお過ごしですか？ こちらも多少湿度が高く感じますが、日本とはもはや比べられないくらいには気持ちいい夏です。 ところで、化学の(以外もそうかもしれませんが)界隈では、in silicoだったりinfomati…
抗インフルエンザ薬の新薬Xofluzaで耐性が確認されているとのことで、話題に乗っかって耐性株の変異をPymolを使って分子レベルで確認してみたいと思います。 ちなみに、Xofluzaの耐性株についての感染症学会のガイドラインはこちら。 僕はmacユーザーですが…
