Grüezi, タンパクの結晶構造を見てる時に，ふと特定のアミノ酸が何処にあるかとか，それが全部で何個あるか気になることってありますよね． 例えばLysineが何個あるか数えたい時は，PyMOL上のコマンドラインで，こう唱えます． count_atom resn lys and chai…

Grüezi, 過去のエントリでPyMOL上に表示される溶媒の水分子をなんとかする試みを紹介しました． keetaneblog.hatenablog.com keetaneblog.hatenablog.com 今回はasコマンドで水分子をうまく扱う方法とともに，.pymolrcを少し書き換えたので，以下紹介です． …

Grüezi, 今日は勉強したことのメモ書きを少し。 PROTACsのようなdegraderの文献を読んでいると、時々Molecular Glueというのを見かけます。PROTACがbifunctional moleculeであるのに対して、Glueは、例えばCereblonに結合したIMiDsの先にPOIのPPIを誘起しま…

Grüezi, 最近湿度が高いですね。電車に乗るたびにもっとPhysical distanceが欲しいと感じて止みません。 そんな訳で今回のお題は溶媒、つまり水分子です。 Pymol上でいくつかのPDBファイルを重ねて表示することがあると思います。その時に、溶媒の水分子って…

Grüezi, すっかり投稿するのを忘れてた記事を一つ。 これまで紹介したNodeを使うと、 PDB ConnetcorのReport機能を使ってターゲット分子ごとにPDBを割り振ってダウンロードすることも簡単にできます。 今回はスクショメモしか残してなかったのでかなりざっく…

Grüezi, 早いもので，帰国まで1ヶ月を切ってしまいました．慣れてしまえばもう少し滞在したいような，でも物価の高さには相変わらず目眩もするし，正直多分虫歯が出来たっぽいしで帰国したいような，そんなどっち付かずの心持ちです．計画してた旅行の残りは…

Grüezi, 何てことない話なんですが，Pymolのデフォルトセッティングを紹介します． cd /tmp set sphere_scale, 0.2 set cartoon_transparency, 0.5 set transparency, 0.6 set surface_color, white File > Edit pymolrcを開いて上記のTextをコピペ，閉じる…

Grüezi, 世界中でロックダウンが行われていますが，日本も複数の都市で行われ始めましたね．経済的な影響も心配ですが，何よりもまずは生き残ることだと思います．株の格言でも似たようなのがありましたよね． さて，SARS-CoV-2の研究だけは活発に行われてい…

Grüezi, Appleで春の学生向けキャンペーンが明日までですね． www.apple.com 新しく出たMacBook AirとiPad Proを順番にコンボで買える日を夢見てましたが，予算の都合上，後者だけになりました笑．オマケのギフトカードで念願のApplePencil2も買うことにしま…

Grüezi, 世間ではコロナウィルスが大流行ですが，皆さんいかがお過ごしでしょうか． さて，この数週間でCOVID-19関連の構造情報が複数公開され，各PDBサイトにも特集が組まれています． 2020/3/14現在でRCSB PDBのサイトには19個の構造情報が公開されていま…

Grüezi, 前回の記事の手直しも済んでませんが，勢いのある内に次に行こうと思います(済みました23/Jan/2020)． 前回はダウンロードしたPDBファイルを見やすく整えるショートカットを紹介したわけですが(←前回言えよ)，今回はタンパクやリガンドの周辺環境の…

Grüezi, Hi, today I would like to introduce some pymol commands, which is useful for pymol biginers. Let's get started!! 今日はPymolでよく使うコマンドの紹介をしたいと思います．初心者の方には結構便利じゃないかなと思います．Pymolのインストー…

この間のエントリーでMacへのPymolのインストールの仕方を少し書きました． Homebrewを使ってインストールする場合はPymolをコンパイルするのにXcodeという開発ツールが必要になりますが，これだけで数十GBの容量が必要になるので僕のMacBookAirにはまさに重…

タイトルのまんまです。順次追加して羅列していきます。 Windowsでいこう by 鈴木守ユニット Pymol リガンド周辺の観察 Introduction to Pymol PyMOL Wiki Qiita Pymol-book 大阪大学 蛋白質研究所 PyMOLを使ってみよう/クックブック PyMOL Scripting Worksh…

抗インフルエンザ薬の新薬Xofluzaで耐性が確認されているとのことで、話題に乗っかって耐性株の変異をPymolを使って分子レベルで確認してみたいと思います。 ちなみに、Xofluzaの耐性株についての感染症学会のガイドラインはこちら。 僕はmacユーザーですが…