PDBファイルを検索結果のターゲット分子ごとに割り振ってダウンロードするKNIME WorkFlow

Grüezi,

すっかり投稿するのを忘れてた記事を一つ。 

これまで紹介したNodeを使うと、 PDB ConnetcorのReport機能を使ってターゲット分子ごとにPDBを割り振ってダウンロードすることも簡単にできます。

今回はスクショメモしか残してなかったのでかなりざっくりですが、 内容はこんな感じです。

WorkFlow 全体

今回新たに紹介する nodeは多分ありません。上段にはいつも通りリガンドの画像付きExcelにまとめレポートを、下段にはターゲット分子ごとにPDBを振り分けるフローを示してます。

レポートはこんな感じでExportされます。ごめんなさい今回のキーワードは何にしたか忘れました。。。 

 Table Row To Variant

レポート中のRowを変数に設定します。今回はMacromolecule Nameを選択することで、Excel上ではシートに、PDBファイルはフォルダにそれぞれ割り振りできます。

String Manipulation （Variable）

このNodeを使うことで変数をStringに組み込めます。PDBファイルをダウンロードしたいDirectory名を変数を使って生成します。

Excel Sheet Appender

これもいつも通りSheet nameを変数設定することで、ターゲット分子名ごとにシートに情報を振り分けます。

 Export結果

以下、こんな感じです。ソースが違っても分子名が同じであれば同じDirectoryに保管されます。

今回は自分用のWorkFlowの覚書でした。

あ、そういえば日本に帰ってきました。

苦労話はしても疲れるだけなのでしませんが、あーあ帰ってきちゃったなって感じです。

もう少しMacBookAir2012Midで頑張ることになったけど、勉強続くかな…