SBDDに限らず、創薬にあたってポジコンやツール化合物があるかどうかは評価系構築の確度に関わる部分です。 ここをしっかりしてもらうことが、我々ケミストの成功の第一歩になります。 若い子「おじさん、すみません。共結晶が報告されてるリガンドを調べて…
記事の概要 基本にしている仮想環境の構築例 バージョンを指定した仮想環境の共有方法 ついでにconda command 今までは教材に教わるがままにDockerで環境構築してたんですが、jupyterやOpennMMのようにコンテナ外でブラウザを使うようなパッケージの設定は私…
OpenMM、というかGROMACSで遊ぼうと思って作った仮想環境の備忘録です。 hira-labo.com hira-labo.com サンプルコードはこんな感じ。。 conda create -n openmm -c conda-forge python=3.10 openmm openmm-setup pymol-open-source ちなみに下記のようにcuda…
こちらの記事でChEMBLから引っ張ってきたデータを可視化しました。 keetaneblog.hatenablog.com 全体を俯瞰することも大切ですが、キーになりそうな化合物を見つけることも大切です。 というのが今日のお話です。 データのどこに目を向けるのか 実習 もう一…
こちらです def c_index(c_name='', data_frame=df): c_zip = zip(list(range(len(data_frame.columns))),data_frame.columns) # c_name = input('column name?') return {key:value for key,value in c_zip if c_name in value} defaultではdfをDataFrameと…
最近承認されたTYK2阻害剤のユニークなキャラクターを前々回のこちらの記事で紹介しました。 keetaneblog.hatenablog.com いつもはPyMOLで遊んだスクショを載せたりしてましたが、最近遊んだpy3Dmolも前回テストしたので、今回はこれを使って構造を紹介しま…
こちらをまんま実行してるだけの記事です。 わーすげー！ブログで分子がグリグリ動いたー！ 上記は可読性を上げるために改行だけしてます。 <script src="https://3Dmol.org/build/3Dmol-min.js"></script> <script src="https://3Dmol.org/build/3Dmol.ui-min.js"></script>
久々に書く気になったのでこちらの続きです。 APIで取得したChEMBLのデータを整える - おじさんちのクソゲ Deucravacitinibは2022.9に承認されたTYK2に対するアロステリック阻害剤で、成人の中等度から重症の尋常性乾癬を適応としているそうです。 なんでも…
最初のFROM --platform=linux/amd64 ubuntu:latestに集約されますが、M1 MacでDockerfileを単にbuildしようとすると、minicondaのインストールでエラーが出ました。 というわけでとりま突貫のdockerfileです。 拡張子なしでcurrent directoryに保存して、下…
Dockerの全体像 https://penpen-dev.com/blog/docker-command/ 出力される結果は各自の環境で異なるので参考程度にしてください。 Contents 新しい環境を構築する Containerで作業する 環境を破棄する Dockerfile Reference 新しい環境を構築する docker hub…
前回までのこちらの記事でChEMBLからダウンロードしたデータを可視化できるように加工しました。 ChEMBLのデータを整える - おじさんちのクソゲ 既に構造や骨格の情報となるMol fileをSMILES stringsから生成してるので、今回は続きとして同じDataFrameを使…
前回紹介した方法はほぼほぼコピペでした。 .only() で取得する項目を限定していましたが、全データを取得しようとするとどうなるでしょう？ activities = new_client.activity.filter( target_chembl_id__in='CHEMBL3553', pchembl_value__gte=5, assay_typ…
皆さんは標的の情報ってまず何で調べますか？ 私は大体UniProtから入ることが多いです。 そして例えばUniProtのEntryをキーワードにTarget ChEMBL IDを探すこともできます。 前回みたいにChEMBLから入ることって実はあんまりありませんでした。 ChEMBLのデー…
皆さんは長期休暇の宿題は計画通り進める派でしたか？先にやる派？後でまとめて派？ 私はというと、宿題とかない小学校でした笑 とは言っても子どもの学校は宿題があるので、どう接するのが正解なのかいつも悩ましいです。 今回はジジババの家に行く前に全て…
最近diffusionなんとかで色々オープンソースソフトウェアが報告されてます。 DiffDockというドッキングツールもその一つで、git hubやgoogle colabを使って試してみることができます。 いやはや凄い時代ですよね。 そんなわけでミーハーとしてはGoogle colab…
Grüezi, 先日ナイメストさんの記事でPDBのNodeが復活していることを知りました。 【W8】タンパク質データの取得_05_Step2_02_Query2RCSB｜ナイメスト @KNIME9 #note #一歩踏みだした先に https://t.co/gwJPdg9q0e— 巨人の肩の上でKNIMEを語る (@Note_of_KNIM…
先日JAK familyの相同性、というか配列の相違点？、を興味本位でPyMOLを使って紹介したところ、 PyMOLで相同性を見てみました。python使ってもっとスマートに仕事したいなー。はてなブログに投稿しました #はてなブログPyMOLで相同性を確認してみた - 或る化…
JAKiってキナーゼのわりには構造がシンプルでも活性と選択性が出てそうで、ケミストはとっつきやすいのかもですね！— へい (@HiGoing) July 3, 2022 ほんまかいな、ということで今回はPyMOLがインストールしてあれば誰でも出来る簡単な相同性の確認方法です…
PyMOLの自作.pymolrcファイル #2022.6.29 リガンド周りのラベリングをスッキリさせました。 #2022.8.10 AlphaFold2のplDDTスコアのカラーリングをラボォさんのtweetを参考にalias化しました。 tagをシンプルな設計に変えました。 FASTAをprintするalias作り…
フィルムカメラで撮った写真を現像した時にデータファイルのCD-Rをもらう、みたいなやや時代遅れなことをいまだにやってます。 そんな時、データをMacにただコピペしただけではアクセス権がRead Onlyになっている時があります。 このままだとiPadに転送した…
diffとかstatusとかいつも忘れるのでメモ git status 変更点やstaging area, commitとの変更点を要約表示 git diff --stat git diffだと変更点全てが表示されて把握しづらい。 まずはどれくらい変更したかをgit diff --statで確認。 git diff --name-only ど…
よくあるやつです。そんな時はgit add .する前に git stash staging areに持っていく前の内容を待避させます。 git checkout -b ブランチを切り替えます。 git stash pop 退避していた内容を切り替えたブランチで復帰させます。 git add . と git commit -m …
よくある話なので忘れないようにメモです。 subl .gitignore sublimeをインストールしてる前提ですごめんなさい。 作業内容にもよるんですが、何も考えずに下記コピペ保存でいい気がしてます。 ちなみに.DS_Storeとかはmacの話です。 .DS_Store .ipynb_check…
Grüezi, タンパクの結晶構造を見てる時に，ふと特定のアミノ酸が何処にあるかとか，それが全部で何個あるか気になることってありますよね． 例えばLysineが何個あるか数えたい時は，PyMOL上のコマンドラインで，こう唱えます． count_atom resn lys and chai…
Grüezi, 過去のエントリでPyMOL上に表示される溶媒の水分子をなんとかする試みを紹介しました． keetaneblog.hatenablog.com keetaneblog.hatenablog.com 今回はasコマンドで水分子をうまく扱う方法とともに，.pymolrcを少し書き換えたので，以下紹介です． …
Grüezi, 使いたい時には忘れてるGit commandをメモ代わりにalias化しました． ~/.gitconfigに下記コードを保存すると，terminalでgit [alias]でgit コマンドとして使えます． 大体これで作業順な気がする． [alias] rv = remote -v ra = remote add origin #…
いつも忘れてしまうやつの抜粋． jupyterとかMacOSのversionが違うと微妙に違うので注意． MacOS Big Sur, M1 Python 3.7.9 (conda 4.9.2) Cellを分割 ctr + Shift + - Cellを統合 Shift + M Kernelを中断 i, i 単語単位でアクション option + key 行単位で…
Grüezi, Biopythonのライブラリを使ってUniprotをいじってみたので，以下覚書． # ライブラリのimport import pandas as pd from Bio import SeqIO from Bio.PDB import PDBList as pdbl from urllib.request import urlopen # 調べたいタンパクのUniprotKB …
＊この記事は過去の記事をベースにマークダウン記法の練習に作成してます． keetaneblog.hatenablog.com マークダウンについてはチートシートを見ながら書いてます． Qiita マークダウン記法 一覧表・チートシート - Qiita 最終的な見た目はこんな感じになり…
Grüezi wohl, 一年位前まで頑張って勉強してたKNIME x PDBですが、PDB connectorが仕様変更になってます。いざ使おうって時にこれだから... というわけで、めっちゃ簡易ですがpython scriptを置いておきます。 from IPython.display import HTML from pypdb …
