息子へ

血筋というのは恐ろしいもので、自分の息子は自分の特徴を受け継いでいると感じる瞬間がままある。 彼は全くの別人格だし、彼には彼の人生があり、苦悩もあれば喜びもあるのだと頭では理解しているつもり。それでも一緒に暮らしていると、自分の幼少期と重ね…

TeachOpenCADDを改造するの巻

Grüezi, 先日ナイメストさんの記事でPDBのNodeが復活していることを知りました。 【W8】タンパク質データの取得_05_Step2_02_Query2RCSB|ナイメスト @KNIME9 #note #一歩踏みだした先に https://t.co/gwJPdg9q0e— 巨人の肩の上でKNIMEを語る (@Note_of_KNIM…

探してみた ~PyMOLで相同性の高いmotifの探し方~

先日JAK familyの相同性、というか配列の相違点?、を興味本位でPyMOLを使って紹介したところ、 PyMOLで相同性を見てみました。python使ってもっとスマートに仕事したいなー。はてなブログに投稿しました #はてなブログPyMOLで相同性を確認してみた - 或る化…

PyMOLで相同性を確認してみた

JAKiってキナーゼのわりには構造がシンプルでも活性と選択性が出てそうで、ケミストはとっつきやすいのかもですね!— へい (@HiGoing) July 3, 2022 ほんまかいな、ということで今回はPyMOLがインストールしてあれば誰でも出来る簡単な相同性の確認方法です…

.pymolrc

PyMOLの自作.pymolrcファイル #2022.6.29 リガンド周りのラベリングをスッキリさせました。 #2022.8.10 AlphaFold2のplDDTスコアのカラーリングをラボォさんのtweetを参考にalias化しました。 tagをシンプルな設計に変えました。 FASTAをprintするalias作り…

外部デバイスから取り込んだファイルのアクセス権を一括で変更するコマンド

フィルムカメラで撮った写真を現像した時にデータファイルのCD-Rをもらう、みたいなやや時代遅れなことをいまだにやってます。 そんな時、データをMacにただコピペしただけではアクセス権がRead Onlyになっている時があります。 このままだとiPadに転送した…

Gitで変更点を見るdiffとかstatusのいろいろ

diffとかstatusとかいつも忘れるのでメモ git status 変更点やstaging area, commitとの変更点を要約表示 git diff --stat git diffだと変更点全てが表示されて把握しづらい。 まずはどれくらい変更したかをgit diff --statで確認。 git diff --name-only ど…

ブランチを切り替え忘れて作業始めた時のgitコマンド

よくあるやつです。そんな時はgit add .する前に git stash staging areに持っていく前の内容を待避させます。 git checkout -b ブランチを切り替えます。 git stash pop 退避していた内容を切り替えたブランチで復帰させます。 git add . と git commit -m …

何も考えずに作業を始めてしまった時のGitコマンドメモ

よくある話なので忘れないようにメモです。 subl .gitignore sublimeをインストールしてる前提ですごめんなさい。 作業内容にもよるんですが、何も考えずに下記コピペ保存でいい気がしてます。 ちなみに.DS_Storeとかはmacの話です。 .DS_Store .ipynb_check…

count_atomコマンドで特定のアミノ酸の数を数える

Grüezi, タンパクの結晶構造を見てる時に,ふと特定のアミノ酸が何処にあるかとか,それが全部で何個あるか気になることってありますよね. 例えばLysineが何個あるか数えたい時は,PyMOL上のコマンドラインで,こう唱えます. count_atom resn lys and chai…

as nb_spheres, solvent で水分子をなんとかする

Grüezi, 過去のエントリでPyMOL上に表示される溶媒の水分子をなんとかする試みを紹介しました. keetaneblog.hatenablog.com keetaneblog.hatenablog.com 今回はasコマンドで水分子をうまく扱う方法とともに,.pymolrcを少し書き換えたので,以下紹介です. …

必ず忘れるGit Command メモ

Grüezi, 使いたい時には忘れてるGit commandをメモ代わりにalias化しました. ~/.gitconfigに下記コードを保存すると,terminalでgit [alias]でgit コマンドとして使えます. 大体これで作業順な気がする. [alias] rv = remote -v ra = remote add origin #…

JupyterNotebookのショートカットメモ

いつも忘れてしまうやつの抜粋. jupyterとかMacOSのversionが違うと微妙に違うので注意. MacOS Big Sur, M1 Python 3.7.9 (conda 4.9.2) Cellを分割 ctr + Shift + - Cellを統合 Shift + M Kernelを中断 i, i 単語単位でアクション option + key 行単位で…

Uniprotで調べた標的タンパクのSummaryとPDBを取得する

Grüezi, Biopythonのライブラリを使ってUniprotをいじってみたので,以下覚書. # ライブラリのimport import pandas as pd from Bio import SeqIO from Bio.PDB import PDBList as pdbl from urllib.request import urlopen # 調べたいタンパクのUniprotKB …

素人がM1のMacでも自己満するTerminal Prompt設定

*この記事は過去の記事をベースにマークダウン記法の練習に作成してます. keetaneblog.hatenablog.com マークダウンについてはチートシートを見ながら書いてます. Qiita マークダウン記法 一覧表・チートシート - Qiita 最終的な見た目はこんな感じになり…

RCSB PDBのサイトからPDB(.cif)をまとめて取得する簡易script

Grüezi wohl, 一年位前まで頑張って勉強してたKNIME x PDBですが、PDB connectorが仕様変更になってます。いざ使おうって時にこれだから... というわけで、めっちゃ簡易ですがpython scriptを置いておきます。 from IPython.display import HTML from pypdb …

使いたい時には忘れているTerminalコマンドメモ

お題の通りで使う時にいつも忘れてしまうTerminalコマンドをメモ.随時更新. Shell編 rm -r directoryname ~ ls -a sudo purge top find . -name '.DS_Store' -type f -ls -delete source ~/.zshrc Git編 git diff --name-only git diff --stat Docker dock…

素人がMacで始めるプログラミングっぽいこと①Terminal便利設定編

MacBookAir2012でKNIMEを動かすのは重すぎてストレスに感じてきた。 そろそろやらねばと思ってPythonを勉強し始めたので、環境構築の備忘録を随時更新する。 PCやiPadを買い換える時はクリーンから始めたい派なので、調べ直しは最低限にしたい。 というわけ…

ネットワークのない環境でKnimeにNodeを入れるには

会社でKnimeを使ったりする場合、会社の構造式やデータを流出させないためにネットワークに接続されていない環境でデータ処理するケースもあったりします。 Knimeのインストールファイルは公式HPからダウンロード出来るので、そのファイルを移してインストー…

端書き

夢を見た。 スイスから帰ってくる途中の夢だった。 現実にはもう日本で仕事を再開してるし、実際のシーンとは全然関係なかった。 向こうに未練がない訳ではないけれど、見るからには何かしら頭の隅っこの方で考えてる虫がいるんだろう。 日本に帰ってきてか…

Knimeを使ってVirtual Libraryを作るWork Flow

Grüezi, 今回は久しぶりにLibraryっぽいお話を。 端的に言うと、こちらのWork Flowの解説です。 hub.knime.com 右側のDownload Work FlowからDownloadしてしまえばOK何ですが、ケミストにも使いやすいように少しだけカスタマイズします。 と言うわけで今回の…

Degronを探せ2 -Zinc Finger degron-

Grüezi, 前回の記事で晒した素人感は一切無視して、Degronについて少しずつ深掘りします。 keetaneblog.hatenablog.com 今回の文献はこちら。PDB ID: 6H0F 6H0G science.sciencemag.org 今回使っている結晶構造のDegronはZinc Fingerの構造を持っています。C…

Degronを探せ

Grüezi, 今日は勉強したことのメモ書きを少し。 PROTACsのようなdegraderの文献を読んでいると、時々Molecular Glueというのを見かけます。PROTACがbifunctional moleculeであるのに対して、Glueは、例えばCereblonに結合したIMiDsの先にPOIのPPIを誘起しま…

alias を作って快適PyMOL生活

どこかで一度話題にした気もしますが、PyMOL(python?)のコマンドにはデフォでaliasという機能が組み込まれてます。簡単に言うと、コマンドラインに2,3文字入れてtabキーを叩くと、該当するコマンドを補完するか、候補のコマンドを表示してくれます。 実はこ…

Pymol上の溶媒分子をどうするか

Grüezi, 最近湿度が高いですね。電車に乗るたびにもっとPhysical distanceが欲しいと感じて止みません。 そんな訳で今回のお題は溶媒、つまり水分子です。 Pymol上でいくつかのPDBファイルを重ねて表示することがあると思います。その時に、溶媒の水分子って…

PDBファイルを検索結果のターゲット分子ごとに割り振ってダウンロードするKNIME WorkFlow

Grüezi, すっかり投稿するのを忘れてた記事を一つ。 これまで紹介したNodeを使うと、 PDB ConnetcorのReport機能を使ってターゲット分子ごとにPDBを割り振ってダウンロードすることも簡単にできます。 今回はスクショメモしか残してなかったのでかなりざっく…

Dear Pymol Beginners x KNIME 1.4 -リガンドをクラスタリングして,レポートとPDBファイルのダウンロード先の振り分けに使ってみたり-

Grüezi, 早いもので,帰国まで1ヶ月を切ってしまいました.慣れてしまえばもう少し滞在したいような,でも物価の高さには相変わらず目眩もするし,正直多分虫歯が出来たっぽいしで帰国したいような,そんなどっち付かずの心持ちです.計画してた旅行の残りは…

Dear Pymol Beginner 5 -Pymolのデフォルトを変更してみたり-

Grüezi, 何てことない話なんですが,Pymolのデフォルトセッティングを紹介します. cd /tmp set sphere_scale, 0.2 set cartoon_transparency, 0.5 set transparency, 0.6 set surface_color, white File > Edit pymolrcを開いて上記のTextをコピペ,閉じる…

Dear Pymol Beginners 4 -オブジェクトをグループ化してみたり,リガンドの結合位置や様式を比べてみたり-

Grüezi, 世界中でロックダウンが行われていますが,日本も複数の都市で行われ始めましたね.経済的な影響も心配ですが,何よりもまずは生き残ることだと思います.株の格言でも似たようなのがありましたよね. さて,SARS-CoV-2の研究だけは活発に行われてい…

Dear Pymol Beginners 3 x KNIME 1.3 -リガンドのSDFファイルを書き出してみたり,リガンドの結合様式を比較してみたり-

Grüezi, Appleで春の学生向けキャンペーンが明日までですね. www.apple.com 新しく出たMacBook AirとiPad Proを順番にコンボで買える日を夢見てましたが,予算の都合上,後者だけになりました笑.オマケのギフトカードで念願のApplePencil2も買うことにしま…