使いたい時には忘れているTerminalコマンドメモ

お題の通りで使う時にいつも忘れてしまうTerminalコマンドをメモ.随時更新. Shell編 rm -r directoryname ~ ls -a sudo purge top find . -name '.DS_Store' -type f -ls -delete source ~/.zshrc Git編 git diff --name-only git diff --stat Docker dock…

素人がMacで始めるプログラミングっぽいこと①Terminal便利設定編

MacBookAir2012でKNIMEを動かすのは重すぎてストレスに感じてきた。 そろそろやらねばと思ってPythonを勉強し始めたので、環境構築の備忘録を随時更新する。 PCやiPadを買い換える時はクリーンから始めたい派なので、調べ直しは最低限にしたい。 というわけ…

ネットワークのない環境でKnimeにNodeを入れるには

会社でKnimeを使ったりする場合、会社の構造式やデータを流出させないためにネットワークに接続されていない環境でデータ処理するケースもあったりします。 Knimeのインストールファイルは公式HPからダウンロード出来るので、そのファイルを移してインストー…

端書き

夢を見た。 スイスから帰ってくる途中の夢だった。 現実にはもう日本で仕事を再開してるし、実際のシーンとは全然関係なかった。 向こうに未練がない訳ではないけれど、見るからには何かしら頭の隅っこの方で考えてる虫がいるんだろう。 日本に帰ってきてか…

Knimeを使ってVirtual Libraryを作るWork Flow

Grüezi, 今回は久しぶりにLibraryっぽいお話を。 端的に言うと、こちらのWork Flowの解説です。 hub.knime.com 右側のDownload Work FlowからDownloadしてしまえばOK何ですが、ケミストにも使いやすいように少しだけカスタマイズします。 と言うわけで今回の…

Degronを探せ2 -Zinc Finger degron-

Grüezi, 前回の記事で晒した素人感は一切無視して、Degronについて少しずつ深掘りします。 keetaneblog.hatenablog.com 今回の文献はこちら。PDB ID: 6H0F 6H0G science.sciencemag.org 今回使っている結晶構造のDegronはZinc Fingerの構造を持っています。C…

Degronを探せ

Grüezi, 今日は勉強したことのメモ書きを少し。 PROTACsのようなdegraderの文献を読んでいると、時々Molecular Glueというのを見かけます。PROTACがbifunctional moleculeであるのに対して、Glueは、例えばCereblonに結合したIMiDsの先にPOIのPPIを誘起しま…

alias を作って快適PyMOL生活

どこかで一度話題にした気もしますが、PyMOL(python?)のコマンドにはデフォでaliasという機能が組み込まれてます。簡単に言うと、コマンドラインに2,3文字入れてtabキーを叩くと、該当するコマンドを補完するか、候補のコマンドを表示してくれます。 実はこ…

Pymol上の溶媒分子をどうするか

Grüezi, 最近湿度が高いですね。電車に乗るたびにもっとPhysical distanceが欲しいと感じて止みません。 そんな訳で今回のお題は溶媒、つまり水分子です。 Pymol上でいくつかのPDBファイルを重ねて表示することがあると思います。その時に、溶媒の水分子って…

PDBファイルを検索結果のターゲット分子ごとに割り振ってダウンロードするKNIME WorkFlow

Grüezi, すっかり投稿するのを忘れてた記事を一つ。 これまで紹介したNodeを使うと、 PDB ConnetcorのReport機能を使ってターゲット分子ごとにPDBを割り振ってダウンロードすることも簡単にできます。 今回はスクショメモしか残してなかったのでかなりざっく…

Dear Pymol Beginners x KNIME 1.4 -リガンドをクラスタリングして,レポートとPDBファイルのダウンロード先の振り分けに使ってみたり-

Grüezi, 早いもので,帰国まで1ヶ月を切ってしまいました.慣れてしまえばもう少し滞在したいような,でも物価の高さには相変わらず目眩もするし,正直多分虫歯が出来たっぽいしで帰国したいような,そんなどっち付かずの心持ちです.計画してた旅行の残りは…

Dear Pymol Beginner 5 -Pymolのデフォルトを変更してみたり-

Grüezi, 何てことない話なんですが,Pymolのデフォルトセッティングを紹介します. cd /tmp set sphere_scale, 0.2 set cartoon_transparency, 0.5 set transparency, 0.6 set surface_color, white File > Edit pymolrcを開いて上記のTextをコピペ,閉じる…

Dear Pymol Beginners 4 -オブジェクトをグループ化してみたり,リガンドの結合位置や様式を比べてみたり-

Grüezi, 世界中でロックダウンが行われていますが,日本も複数の都市で行われ始めましたね.経済的な影響も心配ですが,何よりもまずは生き残ることだと思います.株の格言でも似たようなのがありましたよね. さて,SARS-CoV-2の研究だけは活発に行われてい…

Dear Pymol Beginners 3 x KNIME 1.3 -リガンドのSDFファイルを書き出してみたり,リガンドの結合様式を比較してみたり-

Grüezi, Appleで春の学生向けキャンペーンが明日までですね. www.apple.com 新しく出たMacBook AirとiPad Proを順番にコンボで買える日を夢見てましたが,予算の都合上,後者だけになりました笑.オマケのギフトカードで念願のApplePencil2も買うことにしま…

Dear Pymol Beginners x KNIME 1.2 -PDBのReportファイルをExcelのシートごとに分けてみたり-

Grüezi, コロナ騒動がおさまりませんが,私はグラント応募の準備がひと段落したのでKNIME遊びを更新しました. 今回のUpdateはこんな感じです. PDB Downloader WorkFlow PDB Connector Group Loop Start Column Resorter Excel Sheet Appender (XLS) Variab…

Dear Pymol Beginner x KNIME -KNIMEを使ってPDBファイルをまとめてDLしてみたり-

Grüezi, 世間ではコロナウィルスが大流行ですが,皆さんいかがお過ごしでしょうか. さて,この数週間でCOVID-19関連の構造情報が複数公開され,各PDBサイトにも特集が組まれています. 2020/3/14現在でRCSB PDBのサイトには19個の構造情報が公開されていま…

Trelloで語学学習のススメ

Grüezi, スイスに来て7ヶ月.一向に英語力が向上した気がしない,どうも或る化みす途です. 以前にTrelloというタスク管理ツールを紹介しましたが,最近リリースされた機能がどうにも便利なので紹介したいと思います. 過去記事はこちら. keetaneblog.haten…

Dear Pymol Beginners 2 -リガンドの周辺を観察してみたり-

Grüezi, 前回の記事の手直しも済んでませんが,勢いのある内に次に行こうと思います(済みました23/Jan/2020). 前回はダウンロードしたPDBファイルを見やすく整えるショートカットを紹介したわけですが(←前回言えよ),今回はタンパクやリガンドの周辺環境の…

Dear Pymol Beginners 1 -タンパクを切り分けたり重ね合わせたり-

Grüezi, Hi, today I would like to introduce some pymol commands, which is useful for pymol biginers. Let's get started!! 今日はPymolでよく使うコマンドの紹介をしたいと思います.初心者の方には結構便利じゃないかなと思います.Pymolのインストー…

結局DNA encoded libraryってどんなんなのさ?

Gruezi wohl 最早三ヶ月前の話なので大変恐縮ですが,ETH(@Zurich)で毎年のように開催されているDNA encoded library (いわゆるDEL)のシンポジウムに参加してきました.ぶっちゃけ文献やネットのまとめ的な記事しか読んでいなかったので,今回のシンポジウ…

日本にあってスイスにないもの

Gruuuuuuuuezi mitenand 知ってましたか?Macの英字キーボードで例えばuを長押しするとüとかú を気軽にタイプできるんです.ショートカットを覚える必要がなくて便利ですね. え?日本語キーボードで打つとどうなるかって?Shiftで大文字スタートすると簡単…

深まる秋の夜の星を見て想ふ君の中の芽生えを知って

こんばんは。 今日とても不思議な体験をしました。なんと言えば上手く伝わるのか、そんな必要もそもそも有りませんが、自分にとってこの先にまた有るかも分からないことなので,書き留めてみたいと思います。 時を遡ること多分30年くらい前。僕は一人で水曜…

Active Sundays @ETH

Grüezi wohl ETHの sports zentrumで今週末から Active Sundayという一般の子供向けの体育館開放を行ってます。 https://ethz.ch/en/campus/getting-to-know/discover/sport-and-leisure-asvz/activesundays.html そんな訳で日曜にも関わらず Hönggerbergは…

スイスと言えばのFREITAGデビューした話

Gueten Abig 日本では増税とキャッシュレスが話題ですか? 私はもともと現金持ってないのに飲みに行ったりするくらいキャッシュレス派ですが(汗,スイスや欧州ではプリペイドとか色んなキャッシュレス方法がほとんどなく,大体クレジットかデビットで決済出…

スイスの保険の話

Grüezi, スイスでは日本と同じく皆保険を採用しています。ただし、日本と違って民間の保険会社への強制加入です。この保険会社の契約内容に応じて受けられる医療が異なります。例えば、高額なプランなら行きたい病院に行って希望する治療を保障してくれます…

学内に無人コンビニ現る

もう先月のことなんですが、ETHの学内にピンクのプレハブみたいなのが突然現れました。 何かと思っていたら無人コンビニです。 avecというチェーンが試験展開を始めたそうです。 アプリにクレジットカードを登録して、店の前のQRコードを読み込むと入店出来…

Trelloの個人的な使い方

約一ヶ月くらい開いたことで,Hatenaから”そろそろ書けよ...”的なメールが来たので更新します. こんばんわ.或る化みす途です. 今日は会社の同僚の方に教えてもらったTrelloというタスク管理ツールの紹介です. もはや定番らしいので細かい紹介は思いっ…

電子ラボノートっぽいものをChemdrawで自作する

Zürichは暑さのピークを越えた気がします。みなさんいかがお過ごしですか? こちらも多少湿度が高く感じますが、日本とはもはや比べられないくらいには気持ちいい夏です。 ところで、化学の(以外もそうかもしれませんが)界隈では、in silicoだったりinfomati…

Night in Prague

こんにちは、或る化みす途です。 仕事は全然進んでませんが、Zürich は猛暑の予報だったので、ちょっと北側にあるチェコのプラハに急遽行ってきました。プラハも37℃まで上がったよ!とかはもちろん内緒です 箇条書きのメモですが、興味のある人には有益かも…

英語表現メモとしてのブログ

こんにちは,或る化みす途です. 皆さんは英語の表現とかを憶えたい時に何を使ってますか?オススメがあったら教えて欲しいです. 基本的に習慣化出来ないものは身につかない性分で,今まで使っている英語表現メモから乗り換え先を探してます. タスク管理系…