MedChem
Grüezi, タンパクの結晶構造を見てる時に,ふと特定のアミノ酸が何処にあるかとか,それが全部で何個あるか気になることってありますよね. 例えばLysineが何個あるか数えたい時は,PyMOL上のコマンドラインで,こう唱えます. count_atom resn lys and chai…
Grüezi, 過去のエントリでPyMOL上に表示される溶媒の水分子をなんとかする試みを紹介しました. keetaneblog.hatenablog.com keetaneblog.hatenablog.com 今回はasコマンドで水分子をうまく扱う方法とともに,.pymolrcを少し書き換えたので,以下紹介です. …
Grüezi, 今日は勉強したことのメモ書きを少し。 PROTACsのようなdegraderの文献を読んでいると、時々Molecular Glueというのを見かけます。PROTACがbifunctional moleculeであるのに対して、Glueは、例えばCereblonに結合したIMiDsの先にPOIのPPIを誘起しま…
Grüezi, すっかり投稿するのを忘れてた記事を一つ。 これまで紹介したNodeを使うと、 PDB ConnetcorのReport機能を使ってターゲット分子ごとにPDBを割り振ってダウンロードすることも簡単にできます。 今回はスクショメモしか残してなかったのでかなりざっく…
Grüezi, 早いもので,帰国まで1ヶ月を切ってしまいました.慣れてしまえばもう少し滞在したいような,でも物価の高さには相変わらず目眩もするし,正直多分虫歯が出来たっぽいしで帰国したいような,そんなどっち付かずの心持ちです.計画してた旅行の残りは…
Grüezi, 何てことない話なんですが,Pymolのデフォルトセッティングを紹介します. cd /tmp set sphere_scale, 0.2 set cartoon_transparency, 0.5 set transparency, 0.6 set surface_color, white File > Edit pymolrcを開いて上記のTextをコピペ,閉じる…
Grüezi, 世界中でロックダウンが行われていますが,日本も複数の都市で行われ始めましたね.経済的な影響も心配ですが,何よりもまずは生き残ることだと思います.株の格言でも似たようなのがありましたよね. さて,SARS-CoV-2の研究だけは活発に行われてい…
Grüezi, 世間ではコロナウィルスが大流行ですが,皆さんいかがお過ごしでしょうか. さて,この数週間でCOVID-19関連の構造情報が複数公開され,各PDBサイトにも特集が組まれています. 2020/3/14現在でRCSB PDBのサイトには19個の構造情報が公開されていま…
Gruezi wohl 最早三ヶ月前の話なので大変恐縮ですが,ETH(@Zurich)で毎年のように開催されているDNA encoded library (いわゆるDEL)のシンポジウムに参加してきました.ぶっちゃけ文献やネットのまとめ的な記事しか読んでいなかったので,今回のシンポジウ…
Zürichは暑さのピークを越えた気がします。みなさんいかがお過ごしですか? こちらも多少湿度が高く感じますが、日本とはもはや比べられないくらいには気持ちいい夏です。 ところで、化学の(以外もそうかもしれませんが)界隈では、in silicoだったりinfomati…
この間のエントリーでMacへのPymolのインストールの仕方を少し書きました. Homebrewを使ってインストールする場合はPymolをコンパイルするのにXcodeという開発ツールが必要になりますが,これだけで数十GBの容量が必要になるので僕のMacBookAirにはまさに重…
抗インフルエンザ薬の新薬Xofluzaで耐性が確認されているとのことで、話題に乗っかって耐性株の変異をPymolを使って分子レベルで確認してみたいと思います。 ちなみに、Xofluzaの耐性株についての感染症学会のガイドラインはこちら。 僕はmacユーザーですが…