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count_atomコマンドで特定のアミノ酸の数を数える

Grüezi, タンパクの結晶構造を見てる時に,ふと特定のアミノ酸が何処にあるかとか,それが全部で何個あるか気になることってありますよね. 例えばLysineが何個あるか数えたい時は,PyMOL上のコマンドラインで,こう唱えます. count_atom resn lys and chai…

必ず忘れるGit Command メモ

Grüezi, 使いたい時には忘れてるGit commandをメモ代わりにalias化しました. ~/.gitconfigに下記コードを保存すると,terminalでgit [alias]でgit コマンドとして使えます. 大体これで作業順な気がする. [alias] rv = remote -v ra = remote add origin #…

JupyterNotebookのショートカットメモ

いつも忘れてしまうやつの抜粋. jupyterとかMacOSのversionが違うと微妙に違うので注意. MacOS Big Sur, M1 Python 3.7.9 (conda 4.9.2) Cellを分割 ctr + Shift + - Cellを統合 Shift + M Kernelを中断 i, i 単語単位でアクション option + key 行単位で…

素人がMacで始めるプログラミングっぽいこと①Terminal便利設定編

MacBookAir2012でKNIMEを動かすのは重すぎてストレスに感じてきた。 そろそろやらねばと思ってPythonを勉強し始めたので、環境構築の備忘録を随時更新する。 PCやiPadを買い換える時はクリーンから始めたい派なので、調べ直しは最低限にしたい。 というわけ…

ネットワークのない環境でKnimeにNodeを入れるには

会社でKnimeを使ったりする場合、会社の構造式やデータを流出させないためにネットワークに接続されていない環境でデータ処理するケースもあったりします。 Knimeのインストールファイルは公式HPからダウンロード出来るので、そのファイルを移してインストー…

Trelloで語学学習のススメ

Grüezi, スイスに来て7ヶ月.一向に英語力が向上した気がしない,どうも或る化みす途です. 以前にTrelloというタスク管理ツールを紹介しましたが,最近リリースされた機能がどうにも便利なので紹介したいと思います. 過去記事はこちら. keetaneblog.haten…

Dear Pymol Beginners 2 -リガンドの周辺を観察してみたり-

Grüezi, 前回の記事の手直しも済んでませんが,勢いのある内に次に行こうと思います(済みました23/Jan/2020). 前回はダウンロードしたPDBファイルを見やすく整えるショートカットを紹介したわけですが(←前回言えよ),今回はタンパクやリガンドの周辺環境の…

Dear Pymol Beginners 1 -タンパクを切り分けたり重ね合わせたり-

Grüezi, Hi, today I would like to introduce some pymol commands, which is useful for pymol biginers. Let's get started!! 今日はPymolでよく使うコマンドの紹介をしたいと思います.初心者の方には結構便利じゃないかなと思います.Pymolのインストー…

電子ラボノートっぽいものをChemdrawで自作する

Zürichは暑さのピークを越えた気がします。みなさんいかがお過ごしですか? こちらも多少湿度が高く感じますが、日本とはもはや比べられないくらいには気持ちいい夏です。 ところで、化学の(以外もそうかもしれませんが)界隈では、in silicoだったりinfomati…