SBDDに限らず、創薬にあたってポジコンやツール化合物があるかどうかは評価系構築の確度に関わる部分です。 ここをしっかりしてもらうことが、我々ケミストの成功の第一歩になります。 若い子「おじさん、すみません。共結晶が報告されてるリガンドを調べて…

記事の概要 基本にしている仮想環境の構築例 バージョンを指定した仮想環境の共有方法 ついでにconda command 今までは教材に教わるがままにDockerで環境構築してたんですが、jupyterやOpennMMのようにコンテナ外でブラウザを使うようなパッケージの設定は私…

OpenMM、というかGROMACSで遊ぼうと思って作った仮想環境の備忘録です。 hira-labo.com hira-labo.com サンプルコードはこんな感じ。。 conda create -n openmm -c conda-forge python=3.10 openmm openmm-setup pymol-open-source ちなみに下記のようにcuda…

こちらの記事でChEMBLから引っ張ってきたデータを可視化しました。 keetaneblog.hatenablog.com 全体を俯瞰することも大切ですが、キーになりそうな化合物を見つけることも大切です。 というのが今日のお話です。 データのどこに目を向けるのか 実習 もう一…

こちらです def c_index(c_name='', data_frame=df): c_zip = zip(list(range(len(data_frame.columns))),data_frame.columns) # c_name = input('column name?') return {key:value for key,value in c_zip if c_name in value} defaultではdfをDataFrameと…

最近承認されたTYK2阻害剤のユニークなキャラクターを前々回のこちらの記事で紹介しました。 keetaneblog.hatenablog.com いつもはPyMOLで遊んだスクショを載せたりしてましたが、最近遊んだpy3Dmolも前回テストしたので、今回はこれを使って構造を紹介しま…

こちらをまんま実行してるだけの記事です。 わーすげー！ブログで分子がグリグリ動いたー！ 上記は可読性を上げるために改行だけしてます。 <script src="https://3Dmol.org/build/3Dmol-min.js"></script> <script src="https://3Dmol.org/build/3Dmol.ui-min.js"></script>

久々に書く気になったのでこちらの続きです。 APIで取得したChEMBLのデータを整える - おじさんちのクソゲ Deucravacitinibは2022.9に承認されたTYK2に対するアロステリック阻害剤で、成人の中等度から重症の尋常性乾癬を適応としているそうです。 なんでも…

最初のFROM --platform=linux/amd64 ubuntu:latestに集約されますが、M1 MacでDockerfileを単にbuildしようとすると、minicondaのインストールでエラーが出ました。 というわけでとりま突貫のdockerfileです。 拡張子なしでcurrent directoryに保存して、下…

Dockerの全体像 https://penpen-dev.com/blog/docker-command/ 出力される結果は各自の環境で異なるので参考程度にしてください。 Contents 新しい環境を構築する Containerで作業する 環境を破棄する Dockerfile Reference 新しい環境を構築する docker hub…

前回までのこちらの記事でChEMBLからダウンロードしたデータを可視化できるように加工しました。 ChEMBLのデータを整える - おじさんちのクソゲ 既に構造や骨格の情報となるMol fileをSMILES stringsから生成してるので、今回は続きとして同じDataFrameを使…

前回紹介した方法はほぼほぼコピペでした。 .only() で取得する項目を限定していましたが、全データを取得しようとするとどうなるでしょう？ activities = new_client.activity.filter( target_chembl_id__in='CHEMBL3553', pchembl_value__gte=5, assay_typ…