構築したconda環境のメモ

記事の概要

  • 基本にしている仮想環境の構築例
  • バージョンを指定した仮想環境の共有方法
  • ついでにconda command

今までは教材に教わるがままにDockerで環境構築してたんですが、jupyterやOpennMMのようにコンテナ外でブラウザを使うようなパッケージの設定は私のような素人にはまだツラいです。。
というわけで、取り急ぎminicondaでサクッと構築環境を再現するためのメモです。

構築環境

  • pymol
conda create -n pymol -c conda-forge python=3.10 pymol-open-source
  • openmm (with PyMOL)
conda create -n openmm -c conda-forge python=3.10 openmm openmm-setup pymol-open-source
  • openmm (with cudatoolkit, without PyMOL)
conda create -n openmm python=3.10 openmm openmm-setup cudatoolkit=11.2
  • chemoinfomatics ref
conda create -n ci -c conda-forge -y python=3.10  numpy pandas scipy matplotlib seaborn scikit-learn boruta_py lightgbm xgboost deap rdkit jupyterlab spyder
  • bioinfomatics
conda create -n bi -c conda-forge -y python=3.10 pandas pymol-open-source BioPython

パッケージを色々追加してグチャグチャになっても、とりあえず上記があれば必要最低限を再構築できてます。
pandas=1.4.2のようにバージョン名を指定して追加することもできます。

構築環境の共有方法

上記に加えて色々パッケージを追加した構築環境を他の人に共有したい場合は該当する、仮想環境内で以下のコマンドで仮想環境を出力して共有できます。

conda env export > env_name.yml

出力したymlファイルを元に環境を再構築する場合は下記コマンドです。

conda env create -n new_env -f env_name.yml

この方法を使うとPythonやパッケージのversionまで指定して再構築できるので便利です。

conda commandまとめ

conda環境の一覧

conda info -e

Channelの追加や削除

  • conda-forge channelの追加

    conda config --append channels conda-forge

  • defaults channelを削除

    conda config --remove channels defaults

パッケージ管理

  • 現在のconda環境のパッケージ一覧表示

    conda list

  • 指定したconda環境のパッケージ一覧表示

    conda list -n py38

  • パッケージの検索

    conda search tensorflow

  • パッケージインストール

    • インストール

      conda install tensorflow

    • バージョン指定してインストール

      conda install tensorflow=1.15

  • パッケージの更新

    • パッケージを最新に

      conda update tensorflow

    • すべてのパッケージを最新に

      conda update --all

  • パッケージの削除

    conda remove tensorflow

  • パッケージリストを出力

    conda list --export > package-list.txt

仮想環境作成

  • pythonバージョンを指定して作成

    conda create --name py38 python=3.8
    conda create -n py38 python=3.8

  • 仮想環境をコピーして作成
    例：baseをコピーしてpy38を作る

conda create -n py38 --clone base

  • 環境再現のためのリストから環境を再構築

    conda create -n py38 --file package-list.txt

conda環境

  • 有効化

    conda activate py38

  • conda環境の出力

    conda env export > env_name.yml

  • ymlファイルから環境を再構築

    conda env create -n env_name2 -f env_name.yml

  • conda環境の終了

    conda deactivate

  • 仮想環境の削除

    conda remove -n py38 --all