PyMOLで相同性を確認してみた

ほんまかいな、ということで今回はPyMOLがインストールしてあれば誰でも出来る簡単な相同性の確認方法です。
お題の報告はこちらです。

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.7b01598

PDBという単語で検索をかけると最後の方に論文で登録されたPDB IDの6BBUと6BBVが見つかると思います。
PyMOLを開いたらfetchでloadしましょう。

fetch 6bbu 6bbv

fetch 6bbu 6bbv

全然重なってないのでalignします。

align 6bbu, 6bbv

6bbuを6bbvの場所に持っていってalignするよってコマンドです。 いい感じに重ね合わさってればOKです。
次にリガンド周辺だけ抜き取ります。

create u, byres organic expand 10 and 6bbu
create v, byres organic expand 10 and 6bbv
disable 6bbu or 6bbv

そして改めてalignmentのobjectを作ります。

align u, v, object=aln
set seq_view, 1

もしくは画面右下のSをクリック このsequenceは構造をもとにalignmentされています。つまり重なっている残基同士が並んでいる状態です。
alnのobjectをinactiveにしてやることで解除することもできます。
このsequenceを見ながら一致してない残基を見つけてやればいいわけです。
(私のcoding能力では自動抽出がまだできませんごめんなさい)

show sticks, sele
zoom byres orgnic around 3

リガンド周辺に選択性が出せそうなアミノ酸残基との相互作用が見当たりません...。変態ですか。誰ですかJAKはまだ頑張れるなんて呟いた人は。
久々に頑張ったので夏休みに入りたい気持ちでいっぱいです。皆さんも体調にお気をつけて。
~終わり~

-追記-
ちなみにこのalnのobjectはFASTAやCLUSTALで保存もできるので普通の配列解析もできるはずです（私ができないだけで)

#CLUSTAL形式
save aln.aln, aln
#FASTAA形式
save aln.fasta, aln

CLUSTAL形式はterminalからcatコマンドで確認してやってもいいと思います。

cat aln.aln

~さらに追記~ すさんからご助言いただきまして、windowsは下記のscriptを実装できました。

Macで動かないのはなんでなん？dependency errorとか？ この辺の便利ツールは.pymolrcに書くとカオスなので、xxx.pyでscriptにしてimport xxxくらいが散らからないかなと思いました。もっとシンプルに自動化する方法もあるけど、使用頻度が低すぎて忘却必須ですね。

-報告- 拙い記事をすさんにフォローアップいただきました。