Grüezi,
最近湿度が高いですね。電車に乗るたびにもっとPhysical distanceが欲しいと感じて止みません。
そんな訳で今回のお題は溶媒、つまり水分子です。
Pymol上でいくつかのPDBファイルを重ねて表示することがあると思います。その時に、溶媒の水分子ってごちゃついて鬱陶しいことがあります。しかし彼らは、こちらから指定してあげないと表示の切り替えは出来ません。という訳で水分子をどう扱うか、特にコマンドを使って出来る方法を少しまとめてみます。
今回参考にした文献は、たまたま読んだこちらです。
J. Med. Chem. 2015, 58, 20, 8182
PDB ID: 6CEP と6CEOを読み込んでおきます。
それぞれ表示したら水の位置が違いますよね。
溶媒を一括で削除する
delete solvent (and enabled)
and enabledがないと、セッション全体に適用されます。復元できないので、水を確認したい時には手遅れになります。
溶媒単独のオブジェクトを作る
create solvent, solvent (and enabled)
extract solvent, solvent (and enabled)
前者は溶媒のオブジェクトを別個に作成しますが、表示のon/offには使えません。後者は抜き出すので、オブジェクトのon/offで表示を切り替えられます。表示のon/offはenable/disable コマンドです。
溶媒単独の選択オブジェクトを作る
select sol, solvent
hide everything, sol
show spheres, sol
選択オブジェクトを作成し、hideとshowで切り替えます。
対象をsession全体にしておけば、objectごとに切り替える必要はないかと思います。コマンド打つのめんどいですが。
MaestroのSplit風に管理する
(disable !5cep)
extract s5cep, solvent and 5cep
extract l5cep, organic and 5cep
group g5cep, enabled
だから何って話ですが、PDBごとに溶媒を管理しようと思うとこんな感じです。
色が変わったのはPyMOLが落ちただけなので気にしないでください…
Presetを使う(番外編)
ligand site > cartoon
コマンド使ってませんが、すっきり見える方法の一つです。
インハウスで複合体共結晶がたくさん取れてきた時とか、皆さんどうしてるんですかね？
いい方法があったら教えてください。