Dear Pymol Beginner 5 -Pymolのデフォルトを変更してみたり-

Grüezi,

何てことない話なんですが，Pymolのデフォルトセッティングを紹介します．

cd /tmp

set sphere_scale, 0.2

set cartoon_transparency, 0.5

set transparency, 0.6

set surface_color, white

File > Edit pymolrcを開いて上記のTextをコピペ，閉じる時にSaveするだけです．

以下，具体的に比較するとこんな感じです．左がpymolrcなし，右がありです．

show surfaceすると思いっきり見た目は違います．左は毒々しいですね...

ポケット周辺も具合はだいぶ違います．

ポケット周辺のアミノ酸残基をshow linesしておくと，相互作用が取れそうな残基が見えるかもしれません．影があった方が隙間が見えて変換の余地を把握出来そうな気がします．

最後にcd /tmp ですが，fetchなどで取ってたきたcif fileの保存先を一時フォルダに変更しています．何もしないとWorking Directoryはユーザー直下になっていて，ふとした時にmessyになってることに気がつきます．

ご参考までに